Mùa hè năm Tự Đức thứ 14 (1860), các quan ở Bộ Hộ theo lời bàn kê rõ lý lịch các vị cựu thần nhà Hậu Lê, vâng chỉ dụ của nhà vua cho lập đền thờ ở phía Tây thành Đông Kinh, tại phường Thụy Chương, huyện Vĩnh Thuận (nay là ngõ 124, đường Thụy Khê, Hà Nội[6]). Thứ tự các bài vị đều sắp đặt theo như lời bàn của Bộ. Chính giữa là linh vị của Trường Phái hầu Lê Quýnh, đặt thụy Trung Nghị. Bên tả bày linh vị của 11 người, gồm có Đề lĩnh Nguyễn Viết Triệu, Thượng thư Bút phong Đình Giản, Đinh Võ hầu Trần Quang Châu, Trần Danh Kệ, Hữu thị lang Nguyễn Huy Diệu, trấn thủ Lê Hân, chỉ huy Lê Doãn Trị, chưởng tứ bảo Lê Quý Thích, Nguyễn Hùng Trung, Lê Tùng, tả tham chính Kinh Bắc, Bình vọng Lê Trọng Trường. Bên hữu bày linh vị của mười một người, gồm có tĩnh nạn công thần Trần Danh Án, thanh hình hiến phó sứ Tuyên Quang Nguyễn Đình Viện, nội thị Nguyễn Quyên, Trần Đĩnh, đốc đồng Nguyễn Quốc Đống, Địch quận công Hoàng ích Hiểu; Nguyễn Đình Miên, Đoàn Thận Xưởng võ uý Nguyễn Trọng Du, Lê Thức, Cận quang hầu Phạm Như Tùng. Tất cả 22 người ấy đều được đặt thuỵ hiệu là "Trung Mẫn"[7]. Ngoài ra, ở phía Đông thờ 5 người là Nguyễn Ngọc Liễn, Vương Triệu, Vương Chấn Thiều, Tôn Hạp, Lê Diên Định. Ở nhà phía Tây thờ 5 người là Trần Lương, Trần Đăng, Vũ Trọng Dật, Trần Dần, Trần Hạc. Từ Lê Quýnh trở xuống cộng 33 người, trên đầu đều đề là Cố Lê tiết nghĩa thần và ngôi đền cũng đề là Cố Lê tiết nghĩa từ[7].

Từ năm 1954, tại Hải Phòng có một con đường mang tên Lê Quýnh để tôn vinh ông.